La iglesia, hoy con el título de Basílica por la Bula "Extat Granate",de 1916, dada por Benedicto XV, fue comenzada en 1737 y finalizada en 1759, a iniciativa del prior Alonso de Jesús y Ortega y costeada con el dinero procedente de la caja central de la Orden Hospitalaria para dar acogida a los restos de su fundador.Su interior aparece bellamente ornado con obras escultóricas y pictóricas. Las pinturas al fresco, representando santos, ángeles, virtudes, episodios de la vida de San Juan de Dios..., fueron realizados por Diego Sánchez Sarabia. Pero de todo este rico interior destacan los retablos y fundamentalmente el Retablo de la Capilla Mayor, realizado por José Francisco Guerrero entre 1744 y 1753.